草薙の研究ログ

英語教育関係。でも最近は統計(特にR)ネタが中心。

偏相関・無向グラフメモ

偏相関係数にもとづいて無向グラフを手っ取り早く描く方法。

 

使うパッケージ

corpcor

qgraph

 

library(corpcor)

library(qgraph)

 

dat=read.table("clipboard") #読み込み,データフレーム形式

cor(dat) #相関係数行列の算出

cor2pcor(cor(dat)) #(相関係数行列に基づく)偏相関係数行列の算出

 

qgraph(cor2pcor(cor(dat)),edge.labels=T)

これでどん。

 

f:id:kusanagik:20140601180956p:plain

 

qgraph(cor2pcor(cor(dat)),edge.labels=T,minimum=.2,edge.color="black",filetype="png")

 

オプションなどはこんな感じで。

 

f:id:kusanagik:20140601181113p:plain

うむ。

 

別に偏相関係数行列でなくてもいい。qgraphは色々サポートしているらしい。

相関係数なら,

qgraph(cor(dat),edge.labels=T,minimum=.2,edge.color="black",filetype="png")

f:id:kusanagik:20140601181345p:plain

 

うん。