草薙の研究ログ

英語の先生をやってます。

r

負の二項分布に関する2つのパラメーター化の方法

負の二項分布(negative binomial distribution)は,(a)その母数を成功回数(ないしサイズ母数)rと,成功確率pとする場合(こっちに親しみ)と,(b)サイズ母数rと平均μとするときの二種類があるんだそうだ。パラメーター化の方法が違うってのは,ガン…

分散共分散行列を相関係数行列に変換するR関数

自分で関数書けばいいってのもごもっともだし,他にも色々あるんだけど,bayesmパッケージにnmatっていう関数がある。 vcovm<-matrix(c(3,2,2,3),2,2) cm<-nmat(vcovm) matrix(cm,2,2)

名古屋で討論型ワークショップやります!

12/17の名古屋,外国語教育メディア学会中部支部外国語教育基礎研究部会第4回年次例会で討論型ワークショップやります! このワークショップは,(私の得てしてくだらない話題提供のあと)基本的に参加者同士でグループを組んでもらい,想いの丈を共有し合う…

対数変換したあとの値の記述統計を報告?vs.対数変換する前の値の記述統計を報告?

外国語教育研究では強く歪んだ分布をもつ連続型確率変数を扱うときがある。 学習時間,ある変数上でのテスト成績,心理学的な実験における反応時間,読解時間などがそう。場合によっては,これを正規分布にしたがう確率変数にすることを目的に対数変換すると…

R連携アプリ開発関係メモ(1):Rscriptでbat実行するときに,コマンドプロンプトを表示しない簡単な方法はVBScript

美しいリレーの話。 まずはRのスクリプトファイル(.r)を用意する(a.rとする)。 それでこのスクリプトファイルをRscriptで実行するバッチファイル(b.bat)を用意する。 このバッチファイルを実行するVBScript(c.vbs)を用意する。 vbsは,コマンドプロ…

そのメタ分析なんだかな

そういう論文ってどれだけの数あるかわからないのだけど,こんなメタ分析があるって考える。 (潜在変数としての)英語の力と(同じく潜在変数としての)国語(母語?)の力の関係をメタ分析でもとめる,という話にしよう。基本的に,英語の力(の推定値)は…

2変量正規分布の片方の変数を平均でぶった切ってもう片方の変数の値の平均差を検討する?

これ,どうやってご説明差し上げたらいいか迷ってたけど,説明用のグラフ用意した。 当たり前だけど相関係数と密接な関係がある(なのであまり操作としてよくない) 相関が十分に高いとき,それぞれ分割した変数の方は当然正規性が満たされなくなる(←これが…

質的成果指標に関する後ろ向き研究:相対危険度とその信頼区間

ある質的な成果指標(ある試験の合格・不合格)がある。テストが終わったあとに,合格した人と不合格だった人に,どの教科書(A,B)を使っていたかそれぞれ聞く。すると以下のようなクロス集計が得られる。このとき,使用した教科書と合格・不合格の関係を…

層別データの可視化:plot関数が思ったより賢い件

何故か知らんかった。plot関数って思ったより賢い。(いや,plot関数が賢いのは昔から当たり前なんだけど)ひとつのグループ化変数とひとつの連続量を入れたデータフレームがあるとする。こんなふうにして作ろう。 group<-c(rep("a",25),rep("b",25)) score<…

こなした問題数,学習時間,オンライン教材へのログイン時間といったデータの分析

オンライン教材へのログイン時間といった学習履歴は,現在の外国語教育現場では容易に得られるようになってきていて,(主に探索的な目論見で)分析に組み込まれることが多くなってきている。しかし外国語教育研究ではこういったデータの分析の歴史は浅く,…

層別の記述統計

あるテストを実施したとき,クラスごとに合計得点をもとめたいとか,そういうことって外国語教育ではよくある(そういうことしかない気もする)。 男女とか,3クラスとかだったらね,記述統計をエクセルでそれぞれ手動でもとめてもいいかもだけど,20クラス…

オッズ比からテトラコリック相関係数への近似変換

テトラコリック相関係数でメタ分析したいときに,先行研究がオッズ比で報告してたりするからどうするんだって話があるそうな。もちろんクロス集計があればいいのだけど,それがないときはどうするか。オッズ比からテトラコリック相関係数の近似値を求める方…

t検定に取って代わるベイズ推定:BESTパッケージ

今更だけど,BESTっていうパッケージなんだって。Bayesian Estimation Supersedes the T-testということでBESTパッケージ。うむうむ。https://cran.r-project.org/web/packages/BEST/vignettes/BEST.pdf CRAN - Package BESTなるほどね。基本はまずJAGSでMCM…

Rの図の中の字をTImes New Romanにしたい?

…という矢の問い合わせ。基本図の中はサンセリフでいいと思うんだけど,わざわざこういう指定のジャーナルもあるんだそう。 なるほど。 windowsFonts(TNR = windowsFont("Times New Roman")) par(family="TNR") x<-data.frame("How about"=rnorm(100),"this"…

信号検出理論の弁別力と対数オッズ比とベイズ因子と

信号検出理論における被験者反応を4つに分けて(H, Miss, FA, CR)2×2表にしたときの対数オッズ比は,0.6倍すると信号検出理論における弁別力指標d'にまあまあ近似する。なので,大雑把にいえば互いに代用できなくもない。 #データを作る dat<-matrix(c(100,…

処理速度と反応時間はまったく違うものだってこと

背景 日本の外国語教育研究では,先達のたゆまぬ努力によって1990年代から認知心理学的な研究手法が欧米より徐々に輸入されはじめ,2000年代後半から広く一般化し,今に続く研究の流れを形成した。認知心理学といっても,特に外国語の語彙処理に関わる研究が…

MANOVAをしたときの効果量

なぜか一部の人はMANOVAを嫌うのだけど,MANOVAしたほうがいい場合っていっぱいあると思う。 で,ある統計の相談案件で効果量はどう報告したらいいのっていう話になった。「そういやあまり聞かない」…というのは国内の外国語教育研究で概説が見当たらないっ…

じわじわくる理屈

私たちの友達グループ ある友達のグループで,これまでの人生で付き合ってきたひとの数を集計してみたら,大体真ん中(50%点)ぐらいが12人だったという。世では4人くらいを「普通」だといっているんだけど,私たちの友達グループでは12人を「普通」と呼ぼう…

多変量上の群間の中心差に関する効果量としてのマハラノビス距離と情報量?

ある指導法Aの効果をみたいとする。 NEGD(群間計画)を組めたとする。 処遇後における処置群と統制群の中心傾向の差をもって効果と考えたい。 このとき,結果変数として2変数もっているとする。 文法テストと語彙テスト。 このとき,効果量としてもちいるべ…

【R】マハラノビス距離のもとめ方と判別

Rでマハラノビス距離をもとめるためには,mahalanobis関数を使う。 勉強用に書いてみた。マハラノビス距離自体は,やっぱり英語のwiki先生が詳しい。Mahalanobis distance - Wikipedia #2変量のマハラノビス距離をもとめる #数値例の作成 library(MASS) roun…

Rで逆正規分布の確率密度関数,累積分布関数,乱数発生

逆正規分布(逆ガウス分布,Inverse Gaussian Distribution)は,反応時間の分析で使ったりすることがあるらしい。歪んでいるので。2母数の連続型分布で,形状パラミタ(λ)と平均(μ)をもつ。 相変わらず英語のwiki先生は統計と数学に詳しい。Inverse Gaus…

Rで反応時間データの基礎的処理まとめ

これで外国語教育でやるような処理は大体できると思う。ご自由にどうぞ。 library(retimes) #ない場合はインストールすること library(MASS) library(ks) x<-rexgauss(1000,300,200,500) #数値例の生成 #基礎 x<-x[!is.na(x)] #欠損の除外(ここにはない) s…

Ex-Gaussian分布の累積分布関数:Rコード

前よくわからないから 積分でやったんだけど,調べたらwikipediaにあったから関数作ったった。wikipediaすげえな。でも700円のコーヒーを飲む層ではないんだ俺。 pexgauss<-function(x,mu,sigma,tau){ tau<-1/tau u<-tau*(x-mu) v<-tau*sigma phi1<-pnorm(u,…

検定力についてわかったようなわからないような人がもっとわかったというようなグラフ

Ex-Gaussian分布の累積分布確率

r

Ex-Gaussian分布の累積分布確率をもとめる方程式が分からないので(わたしが馬鹿だというのと調べるのがメンドイ),retimesパッケージの確率密度関数dexgaussで出したのをintegrate関数で数値積分して出してしまえ的な。 でもretimesは使ってない。このまま…

1/0の正誤データから信号検出理論:Rの自作関数

背景 手元に判断課題のデータがあって,信号検出理論の指標を出したいとする。大概の信号検出理論指標は計算が簡単なのでExcelでもできるのだけど,大量データだと結構面倒くさい。 信号検出理論では,反応を4種類に分ける。 Hit, Miss, CR, FA。 これを数え…

効果量(Cohen's d)と分布の重なり:RでCohen's dから共有面積への変換スクリプト

r

背景 効果量のCohen's dは2変数の分布の重なりの程度だとも解釈できる。 こういうこと。 くわしくは浦野先生(2013)など。 LET2013 workshop | ひとりごと ただし,これは(想定上の)母集団についての話。 さらにCohen's dは,プールされた標準偏差を使う…

【FAQ】2×2のクロス集計への検定,標準回帰係数

r faq

最近受けた統計の質問。 カイ二乗じゃなくてG検定をやれ? これはこの前行われたCELESの,私のワークショップのときに,ある先生からご質問頂いたのだけれども,ちょっと事例が個別すぎたので,その場ではお答えできなかったもの。こちらから連絡差し上げら…

Cliff's deltaや共通言語効果量(common language effect size)などを計算するRパッケージ:"orddom"

これはすごい便利。エンドユーザー向けでだれでも使えそう。 orddomというの。ordinal dominance statisticsの略かな。 共通言語効果量とか,Cliff's deltaとか一気に出してくれる。 対比較とかこれで結構いける的な。 Rogmann, J. J. (2013). Ordinal Domin…

外れ値を含むデータに対する効果量:正規化四分位区間と中央値を使ったほんのちょっとだけ頑健な方法

背景 こんなデータを作ります。対応なしの2群のデータ(x, y)です。 xは,平均50,標準偏差10の正規分布に従う乱数39個です。 yは,平均55,標準偏差10の正規分布に従う乱数39個です。 なので,理論的には,こんな感じになり, 効果量(標準化平均差)は0.5…